Istorija joge je veoma kompleksna. Jedan od načina da se predstavi ova kompleksnost je da se Joga predstavi u obliku velikog dreveta ćiji se koren nalaziti u kasnom Neolitu Indije a vrhovi grana u našem savremenom dobu.
Razvoj Joge je započeo u dalekoj prošlosti ranog Neolita i obuhvata najmanje pet milenijuma. Joga je nastala iz Šamanizma u Peleolitu ali saznanja o Jogi u tom periodu možemo uzeti samo kao nagadjanja. Joga i Šamanizam imaju mnogo zajedničkih karakteristika ali im je kranji cilj sasvim različit. Dok je cilj Joge duhovno oslobadjanje (moksha), Šamanizam se pre svega bavi magijom i lečenjem, što se u Jogi naziva „suptilna dimenzija“.
Najstariji tragivi vezani za Jogu se mogu naći i medju arheološkim iskopinama Indus-Sarsvati civilizacije sa jedne strane i medju pisanim ostavštinama Vedskih himni sa druge strane. Najznačajniji pisani dokaz je pronadjen u Rig-Vedama, najstariji postojeći Indo-Evropski dokument, za koji sve veći broj naučnika veruje da je takodje proizvod Indus-Sarasvati civilizacije.
Mi možemo razlikovati četiri glavna istorijska perioda ili epohe (koji su odredjeni sa okvirnim granicama i koji se dalje detaljnije deliti)
1. Arhaična Joga (cc 4500/3000-1500 p.n.e) –Vedska i Ne-Vedska učenja, nadjena u Indus-Sarasvati civilizaciji i u Samhitas (četiri stare himne), Brahmani (ritulani tekstovi), Aranyaki (ritualni tekstovi za stanovnike šuma izvedeni iz himni.
2. Pred-Klasična Joga (cc 1500 p.n.e – 200 n.e) Ezoterična učenja iz ranih „Upanišada“, duhovna učenja iz dva Indijska naconalna epa „Mahabharata“ i „Ramajana“ kao i jogička učenja iz Đainizma (Jainisam) i Budizma
3. Klasična Joga (cc 200 n.e) Patanđalijeva učenja zasnovana na njegovim Joga-Sutrama; često se u to uključuju i učenja napisana na Sanskritu, koja predstavljaju mnogobrojne komentare Joga Sutra, i treba razgraničiti istorijski period Patanđalijevog stvaranja od komentara na Sanskritu koji se i sada još uvek pišu.
4. Post-Klasična Joga (posle 200 n.e) Učenja inspirisnana metafizičko/psiholškim učenjima Vedante, Tantre i Hata-Joge koja su nastala posle Patanđalijevih učenja.